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標題: 植基於嵌入式資料庫之微陣列資料分析工具的設計與實作
The Design and Implementation of A Microarray Data Analysis Tool Using Embedded Database
作者: 侯柏村
Hou, Bo-Tsuen
關鍵字: Embedded System
嵌入式系統
Embedded Database
Microarray Chip
Analysis of Variance
Hierarchical Clustering
嵌入式資料庫
微陣列晶片
變異數分析
階層式分群
出版社: 資訊科學系所
引用: 一、 中文部分 Books: [1] 探矽工作室, “嵌入式系統開發聖經,” 學貫行銷股份有限公司, 2002. [2] Business Next 數位時代, “生物晶片帶動醫療新商機,” 巨思文化股份有限公司, 2005. Documentations、User manuals、Web Resources: [3] 施純榮,”上半年生物晶片產業的回顧與展望,” 財團法人工業技術研究院, August 2001, Available at http://www.itri.org.tw/chi/services/ieknews/h2001-B01-20028-E6D0-0.PDF [4] “基因晶片及其應用,” Available at http://microarray.mc.ntu.edu.tw/genechip.htm [5] ”台灣生物晶片發展契機,” 成大生物科技中心. Available at http://www.ncku.edu.tw/~cbst/biochip.htm [6] “生物晶片簡介,” 晶宇生物科技實業股份有限公司. Available at http://www.bio-drchip.com.tw/chip.asp [7] “生物晶片定義,” 生物晶片資訊站, Avaliable at http://home.pchome.com.tw/discover/biochipmaster [8] “生物晶片全球市場分析概況,” 生物晶片資訊站. Avaliable at http://home.pchome.com.tw/discover/biochipmaster 二、 西文部分 Books: [9] Cheng, J., Kricka, L.J., “Biochip technology,” Talor&Francis, 2003. [10] Degroot, M.H. and Schervish, M.J., “Probability and Statistics,” 3rd ed., Addison-Wesley, 2002. [11] Knudsen, S., “A biologist''s guide to analysis of DNA microarray data,” Wiley, 2002. [12] Schena, M., “Microarray analysis,” Wiley-Liss, 2003. [13] Stekel, D. “Microarray bioinformatics,” Cambridge University Press, 2003. [14] Stevens, W.R., Rago, S.A., “Advanced Programming in the UNIX Environment: Second Edition,” Addison Wesley Professional, 2005. [15] Tan, P.N., Steinbach, M., Kumar, V., “Introduction to Data Mining,” Addison Wesley, 2005. Papers: [16] Benjamini, Y., Hochberg, Y. “Controlling the false discovery rate - a practical and powerful approach to multiple testing,” Journal of Royal Statistical Society, B, Vol. 57 1995, pp. 289-300. [17] Brazma, A., Hingamp, P., et al., “Minimum information about a microarray experiment (MIAME)—toward standards for microarray data,” Nature Genetics Vol. 29, December , 2001, pp. 365-371. [18] Graves, S., “In-Memory Database Systems,” Linux Journal, Vol. 2002, Issue 101, September 2002. [19] Hamatani, T., Daikoku, T., “Global gene expression analysis identifies molecular pathways distinguishing blastocyst dormancy and activation,” PNAS., Vol. 101, Jul 13, 2004, pp. 10326-10331. [20] Olson, A., "Selecting and Implementing an Embedded Database System," IEEE Computer, Vol. 33, Issue 9, September 2000, pp. 27-34. [21] Ortiz, S. Jr., "Embedded Databases Come Out of Hiding," IEEE Computer, March 2000, pp. 16-19. [22] Pisharath, J., Choudhary, a., and Kandemir, M., "A Data-centric Approach for Query Execution in Memory-Resident Databases," in Proceedings of the Design, Automation and Test in Europe Conference and Exhibition, 2004. [23] Sharov, A., Dudekula, D., and Ko, M. “A web-based tool for principal component and significance analysis of microarray data,” Bioinformatics, Vol. 21, May 2005, pp. 2548 – 2549. [24] Shepard, S., "Embedded Databases Can Power Emerging World of Information to Go," IT Pro, November/December 2000, pp. 10-13. [25] Spellman, P.T., Miller, M., et al., "Design and Implementation of Microarray Gene Expression Markup Language (MAGE-ML)," Genome Biology, 2002, pp.1-9. [26] Stoeckert, C. J. Jr., "Microarray Databases: Standards and Ontologies," Nature Genetics Supplement, Vol. 32, December 2002, pp. 469-473. [27] Zhang, X., Meng, X.F., Wang, S., “KingBase Lite: a smart mobile embedded database system,” ITCC, Vol. 2, 14-17 May, 2004, pp. 806 – 811. Documentations、User manuals、Web Resources: [28] “Berkeley DB Documentation,” Sleepycat Software, Oracle Co. Ltd., Available at http://www.sleepycat.com/docs/api_c/frame.html [29] “Berkeley DB User Manual,“ Available at http://www.sleepycat.com/docs/gsg/C/BerkeleyDB-Core-C-GSG.pdf [30] “NIA Array Analysis Tool Online Help,” National Institute on Aging (NIA/NIH), Laboratory of Genetics, Baltimore MD. Available at http://lgsun.grc.nia.nih.gov/ANOVA/help.html [31] “Oracle 9i Lite A Technical White Paper,” Oracle Co. Ltd. Available at http://otn.oracle.com/tech/wireless/paper/q4-02/Oracle_Lite_wp11-02.pdf [32] “PointBase Micro Wins Best Mobile Database,” Pointbase Co. Ltd. Available at http://www.pointbase.com/node.shtml?nvaHier=Products/pointBase+Micor&CF=products/micro.html [33] “SQL Anywhere Studio,” Sybase Co. Ltd., Available at http://www.sybase.com/products/anywhere [34] http://lgsun.grc.nia.nih.gov/ANOVA/ [35] http://www.mged.org [36] http://www.sleeepycat.com
摘要: 西元2003年四月十四日,受全球矚目的人類染色體組研究計劃,在美國國家衛生研究院和賽雷拉(Celera)公司共同合作下,由國家衛生研究院主持人柯林斯博士(Dr. Francis Collins)宣佈完成人類基因圖譜解碼草圖。整個圖譜解碼工作也比當初預計的時程還要早兩年完成。而生物技術的研究也隨之進入了另一個嶄新的時代,一般稱之為後基因體時代(Post-Genome Era)在後基因體時代的研究中,生物資訊技術的研發成為醫藥與生命科學創新躍進的基礎,其中統計、資料挖掘、以及資料庫技術更在生物資訊領域中,扮演重要的角色。 但是擁有人類基因圖譜的全貌就好像擁有一本只有電話卻沒有電話持有人與住址的電話簿一般。所以找出其中與生長、發育、自動調節(Homeostasis)、行為及疾病相關的基因就顯得相當相當的重要。而其中幾項生物晶片技術,如微陣列晶片(Microarray chip)、蛋白質晶片(Protein Chip)及實驗室晶片(Lab on a chip)等,正加速瞭解許多基因的功能及其交互作用與調控。其中,微陣列是發展及應用較為成熟的生物晶片技術之一,此晶片技術已廣泛的應用於生物醫學領域,如癌症、藥理、毒理學、感染、細胞分化、發育及生殖醫學等,亦將直接或間接的應用於疾病之診斷、分類、預後評估,並改善疾病之治療。[3] 另一方面,資訊科技的演進與進步程度亦不在生物科技之下,日常生活中充斥著各式各樣的嵌入式產品,舉凡手機、數位相機、資訊家電、網路繞徑伺服器、數位機上盒、精簡式電腦、門禁系統等等都是嵌入式產品的一員。這些產品除了功能廣泛、強大之外,還有更具衝擊性的進步,體積的縮小。所有的嵌入式產品產品都往兩個研究方向進行衝刺,一是功能與效能的提升,二是體積的縮小。而往後的世界也隨著嵌入式產品的長足進步進入了「後PC時代」。而SoC (System on Chip)更是後PC時代的一大驗證。因此本研究嘗試著利用嵌入式系統本身的優點對微陣列晶片實驗所產生的資料製作一個體積小、便於使用、節省能源、具有資料庫功能的分析工具供相關研究人員使用。本研究使用嵌入式開發平台PXA270當作系統平台,製作於其上的分析系統採用的是開放原始碼的方式開發,所以軟體的部分是免費的,硬體的費用也比使用常見的形式建置要來的低廉許多,對於有需要的生物學門的研究人員來說可以幫他們節省許多相關的花費。而這樣的系統在目前的相關研究領域當中也尚未見到比較具有相關性的研究。算是比較新穎的研究方向,也相當具有研究價值。
URI: http://hdl.handle.net/11455/19365
其他識別: U0005-2108200616184400
文章連結: http://www.airitilibrary.com/Publication/alDetailedMesh1?DocID=U0005-2108200616184400
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